农转非后未签就业协议的应届毕业生，其户籍和档案通常会按照以下流程处理：
1. 户籍处理：此类毕业生的户籍一般会保留在原籍所在地，不会自动迁移至学校所在地。如果毕业生有意向将户籍迁移至工作所在地，需在找到工作单位并签订劳动合同后，按照当地公安机关的规定办理户籍迁移手续。
2. 档案处理：未签就业协议的毕业生，其档案通常会由学校统一管理。学校会根据毕业生是否继续深造或就业，将档案转至相应的机构。具体来说：
- 继续深造：如果毕业生选择继续深造，档案会被转至录取学校。
- 就业：如果毕业生已找到工作并签订劳动合同，档案会被转至工作单位所在地的人才交流中心或公共就业和人才服务机构。
- 未就业：如果毕业生未就业，档案将继续保留在学校，直至毕业生找到工作或继续深造。
需要注意的是，毕业生应关注学校发布的档案管理规定，确保档案的妥善处理。
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