档案中涂改的笔迹鉴定，首先应遵循以下步骤：
1. 现场勘查：对档案涂改部分进行现场勘查，记录涂改的形态、位置以及周围环境，为后续分析提供依据。
2. 样本收集：收集涂改痕迹的样本，包括涂改前后的文字、签名等，同时获取嫌疑人的笔迹样本。
3. 笔迹比对：采用光学显微镜、电子显微镜等工具，对涂改痕迹和嫌疑人笔迹进行微观比对，分析笔迹特征是否一致。
4. 化学检测：利用化学试剂对涂改痕迹进行检测，判断涂改是否使用同一种墨水，以及墨水的品牌、型号等信息。
5. 物理检测：通过红外线、紫外线等物理手段，检测涂改痕迹与周围纸张的纤维结构、密度等是否一致。
6. 综合分析：结合以上检测结果，分析涂改痕迹是否由嫌疑人所留，并判断涂改目的和动机。
7. 出具鉴定报告：根据鉴定结果，出具正式的笔迹鉴定报告，为档案的真实性提供科学依据。
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