指令单和工作联系函在性质、用途和内容上存在显著区别。
指令单通常是指由上级单位或部门向下级单位或个人下达的具体任务或指令的书面文件。它具有明确的执行性和指导性，通常用于日常工作中的具体事务安排，如物资调拨、任务分配等。指令单的内容相对具体，包括任务的具体要求、执行时间、责任人等。
而工作联系函则是两个或多个单位之间为了协调工作、商讨问题或请求协助而相互交换的正式文件。它主要用于单位之间的沟通与协作，如请求对方提供资料、协助调查等。工作联系函的内容较为广泛，通常包括双方单位的基本信息、联系事项、期望达成的目标等。
简而言之，指令单是上级对下级的具体工作安排，强调执行性和指导性；工作联系函则是单位之间的沟通桥梁，强调协作与沟通。
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