军人自考取得毕业生登记表后，按照以下步骤将其存入个人档案：
1. 仔细核对：首先，确保毕业生登记表上的信息与个人实际情况完全一致，如姓名、学号、毕业时间等。
2. 准备密封：将毕业生登记表折叠整齐，放入档案袋中，并用专用档案封条进行密封。
3. 填写封面：在档案袋封面处填写清楚个人基本信息，包括姓名、身份证号码、学历、专业等。
4. 存入档案盒：将密封好的档案袋放入个人档案盒中，注意不要与其他档案混淆。
5. 归档登记：将档案盒放入档案室指定的位置，并在档案登记簿上记录存档信息。
6. 定期检查：定期检查档案存放情况，确保档案安全。
7. 咨询专业人士：如有疑问，可咨询人事部门或档案管理专业人员，以确保操作正确无误。
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