面对机关查岗时工作人员不在岗的情况，首先应立即启动应急预案。具体处理措施如下：
1. 立即上报：第一时间向上级领导汇报查岗情况，如实说明原因。
2. 原因调查：组织相关人员对不在岗原因进行调查，包括个人原因和紧急情况。
3. 责任追究：根据调查结果，对责任人进行责任追究，包括通报批评、警告等。
4. 工作交接：确保工作不因个人不在岗而受到影响，做好工作交接，保证工作连续性。
5. 改进措施：分析不在岗的原因，提出改进措施，避免类似情况再次发生。
6. 加强管理：加强对工作人员的管理，提高工作纪律，确保机关正常运行。
7. 教育培训：组织教育培训，强化工作人员的纪律意识和责任感。
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