上海初级助理工程师自行申请流程如下：
1. 准备材料：首先，收集并整理好个人身份证明、学历证明、专业技术资格证书等相关材料。
2. 在线注册：登录上海市职业能力考试院官网，进行个人账号注册。
3. 填写申请：在系统中按照要求填写初级助理工程师的申请信息，确保信息的准确无误。
4. 上传材料：将准备好的材料扫描成电子版，按照系统提示上传。
5. 缴纳费用：根据系统提示，完成相关费用的缴纳。
6. 提交审核：上传材料并缴费后，提交申请，等待审核。
7. 查询结果：审核通过后，系统会发送通知，届时可在线打印《初级助理工程师职业资格证书》。
8. 领取证书：携带打印的证书领取通知，到指定地点领取初级助理工程师证书。
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