将自考毕业证放入档案，首先需确保毕业证真实有效。具体步骤如下：
1. 准备材料：收集毕业证书原件、身份证原件及复印件、学历认证报告等。
2. 学历认证：通过教育部指定的学历认证机构进行学历认证，获取学历认证报告。
3. 提交申请：携带上述材料，前往所在单位或档案管理机构提交放入档案的申请。
4. 审核通过：等待档案管理机构审核通过。
5. 存档：审核通过后，毕业证将被放入个人档案中。
6. 领取回执：存档完成后，领取存档回执。
请注意，不同地区和单位的具体操作可能略有差异，建议咨询当地档案管理机构以获取更详细的信息。
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