在上海电力大学电气工程自动化专业与南京工程大学之间，选择哪个学校更好，主要取决于以下因素：
1. 专业特色：上海电力大学在电力系统及自动化领域有着深厚的学术背景和行业资源，若您对此领域有浓厚兴趣，上海电力大学可能更适合您。
2. 师资力量：南京工程大学在电气工程自动化专业同样拥有一支实力雄厚的师资队伍，注重理论与实践相结合的教学方法。
3. 地理位置：上海作为国际化大都市，教育资源丰富，就业机会众多；而南京则拥有悠久的历史文化和良好的教育氛围。
4. 就业前景：根据近年来的就业数据，两个学校的电气工程自动化专业毕业生在就业市场上都表现良好，但具体还需根据您个人的职业规划来选择。
综上所述，选择哪个学校更好，需要您根据自身兴趣、专业背景、地理位置和就业前景等多方面因素综合考虑。无论选择哪所学校，都希望您在未来的学习生涯中取得优异的成绩。
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