事业单位在职职工若不将出入境证件交给单位，可能会面临以下后果：
1. 违反单位规定：单位通常有明确的出入境证件管理制度，不按规定上交证件可能被视为违反内部规定。
2. 影响工作安排：单位可能需要根据职工的出入境情况安排工作，若证件不在单位，可能影响工作计划的正常进行。
3. 损害个人信誉：在单位管理中，诚信是重要的品质，不及时上交证件可能会影响个人在单位中的信誉。
4. 隐患风险：单位可能需要对职工的出入境活动进行监控，以防止安全隐患，不上交证件可能增加潜在风险。
5. 违法责任：在某些情况下，若证件涉及国家秘密或其他敏感信息，不上交可能会触犯相关法律法规。
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