考研自命题专业课的改卷方式通常取决于学校的具体规定和条件。一般情况下，手改和机改各有优劣：
1. 手改：由教师或专家亲自批改，可以更细致地评估学生的答题思路和深度，对于主观题的评分更为准确。但这种方式耗时较长，成本较高。
2. 机改：通过计算机软件进行评分，效率较高，成本较低。但机改往往只能对客观题进行评分，对于主观题的评估可能不够精确。
综上所述，考研自命题专业课的改卷方式可能会根据试卷类型、学校资源等因素而有所不同。建议考生关注目标院校的官方通知，了解具体的改卷方式。
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