考研自主命题院校的毕业证与统考院校的毕业证在本质上并无区别，都是国家认可的学历证书。主要差异体现在以下几个方面：
1. 考试形式：自主命题院校的考研考试科目和题型由各校自行设定，而统考院校则遵循国家统一命题的科目和题型。
2. 难度差异：由于自主命题院校可以针对自身专业特点设定考试内容，因此不同院校的考研难度可能存在一定差异。
3. 录取政策：自主命题院校的录取政策可能更加灵活，如部分院校可能对考生进行面试、复试等环节，而统考院校则相对统一。
4. 学位授予：尽管毕业证本质上相同，但部分院校可能会在毕业证上标注“自主命题”字样，以示区别。
总之，无论是自主命题还是统考院校，毕业证的含金量都是相同的。对于考生而言，选择适合自己的院校和专业更为重要。
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